O Museu Imperial foi incluído no Cadastro Fluminense de Museus (CFM), do estado do Rio de Janeiro.  

Desenvolvido pelo Sistema Estadual de Museus/Superintendência de Museus da Secretaria de Estado e Economia Criativa, o CFM tem por objetivo o mapeamento, o diagnóstico e a difusão do conjunto dos museus fluminenses pertencentes às esferas públicas, privadas ou do terceiro setor, sistematizando as informações dessas instituições. 

A adesão é importante para que as informações dos museus de todo o estado do Rio de Janeiro estejam sempre atualizadas, facilitando a realização de ações conjuntas e contribuindo para os processos museológicos no estado.

Atualmente, o Museu Imperial ocupa todo o complexo arquitetônico do Palácio Imperial de Petrópolis e por ser uma instituição federal vinculada ao Instituto Brasileiro de Museus (IBRAM), também integra o Sistema Brasileiro de Museus (SMB).